В API ФС зачастую трудно установить, к какой части ФС адресован тот или иной системный вызов, так как большинство вызовов проходят обработку на всех уровнях ФС. Тем не менее, большинство системных вызовов мы рассматриваем именно вместе с логической ФС, так как существенной составляющей этих вызовов является именно работа с каталогами. Не следует, однако, забывать, что даже, если функции вызова ограничиваются только работой с каталогом, для его выполнения тоже требуется обращение к нижним уровням иерархии ФС, так как каталог - это тоже файл, который имеет свою физическую структуру и который тоже надо читать и записывать.
Для рассмотрения мы разобьем все системные вызовы на следующие группы: