Опцию NTFS следует выбирать, если требуется в полной мере воспользоваться преимуществами, предоставляемыми системой безопасности Windows Server 2003 и файловой системы NTFS. Однако, если вашей целью является построение системы с двойной загрузкой, где в качестве альтернативной операционной системы используется, например, Windows 98 или Windows ME, то не следует преобразовывать системный раздел к формату NTFS, т. к. это сделает невозможной загрузку Windows 98/ME. Кроме того, следует учесть, что разделы NTFS будут недоступны при работе под управлением Windows 98/ME. Выполнить преобразование файловой системы из формата FAT в формат NTFS можно в любое время после загрузки с помощью утилиты convert. Однако, если требуется выполнить обратное преобразование (раздел NTFS преобразовать в раздел FAT), то необходимо выполнить резервное копирование всех файлов, отформатировать раздел заново (в результате чего все файлы будут уничтожены) и восстановить нужные файлы по резервной копии.